1874年3月7日，吴佩孚出生在山东蓬莱镇一家杂货店主的家庭。吴佩孚长到6岁，被送进私熟读书，他天资聪慧，课堂上又尽心努力，在同学中算是出类拔萃者。他的父亲为此感到欣慰，他也以此自负。14岁那年，吴佩孚进入登州府水师营学兵，兵事余暇，仍专心读书，学业大进。清光绪22年，醉心于功名的吴佩孚如愿以偿，考中了秀才，一时得意非凡，趾高气扬，不料因事触犯了一位有权势的豪绅。他因此在桑梓呆不下去了，只得亡命他乡。

1898年，吴佩孚到天津投淮军聂士成部当兵，被分派到一个管带手下当“戈什哈”（勤务兵），干些传送文书一类的差事。1900年，聂部改为武卫前军，吴佩孚担任后路炮队队官，驻防北塘。第二年，武卫前军的中、后路裁并减员，吴佩孚被减裁下来。他一阵懊丧过后，重振精神，收拾行装，又投到直隶总督袁世凯部下。因为他有过当下级军官的经历，又兼为人乖巧，不久即被选送进保定陆军速成学堂测绘科学习。3年后，他毕业归队。这时，日俄战争爆发，清廷倾向日本，吴佩孚被选为侦察队员。在执行任务中，他凭着自己的聪明机警，屡有收获，很受上司器重，并得到表彰。日俄战争后，他被调到保定的北洋陆军第3镇，先任第11标第1营督队官，次年即升为第1营管带。

1907年，吴佩孚随第3镇到长春市驻防，逐渐与第3镇统制曹锟来往密切，经常出入曹府，成为曹锟的得力干将，深受曹锟的垂青。次年，第3镇奉调进关，炮兵第3标在娘子关哗变，标统因失职被撤，吴佩孚升为标统。1912年，北洋军队镇改称为师，标改称为团。吴佩孚顺理成章成为第3师炮兵第3团团长，驻军南苑。两年后，他被任命为第3师第6旅旅长。1916年，吴佩孚率第6旅作为先头部队急驰入川，镇压反袁护国军，并一时侥幸得逞。在全国一片讨伐声中，袁世凯一命呜乎，吴佩孚只好随第3师撤回保定。不久，吴佩孚率部与张勋的复辟军展开激战，并取得了胜利，这又使他捞到了不少政治资本。

随后，孙中山在广州组成护法军政府，与北洋政府对抗。段祺瑞主张“武力统一”，调派曹锟为总司令，吴佩孚、张敬尧、张怀芝分别任第1、2、3路军司令，率军南下讨伐。在任命曹锟为总司令时，吴佩孚被荐为第3师师长。吴佩孚带领第3师很快进入湖北，驻军汉口，历兵秣马，准备开战。1918年春，护法军攻克湖南重镇岳阳，消息传到北京，北洋政府催促吴佩孚入湘作战。吴佩孚率部气势凶猛，大举南下，先后攻克羊楼司、岳阳、长沙、衡阳等重镇，陈兵湘粤边界，虎视眈眈，随时准备入粤与护法军交锋。就在这时，因个人利害，吴佩孚与北洋政府发生了磨擦。这年8月21日，吴佩孚发出“罢战主和”的通电，指责段祺瑞“武力统一”的主张，提出南北议和。在后来的倒段活动中，吴佩孚只用了7天时间，就将段祺瑞的皖军主力击败，段祺瑞宣告下野。随后，曹锟被任命为直鲁豫3省巡阅使，吴佩孚为巡阅副使。他不愿居京，自请驻防洛阳练兵。1921年8月，吴佩孚率部打败湘军后，被任命为湖北、湖南2省巡阅使，成了独裁一面的军政大员。

1922年4月，第一次直奉战争开始。吴佩孚率部打败了张作霖，奉系被赶出关外，直系独自控制了北洋政府。1923年2月，吴佩孚指挥军警，镇压了京汉铁路工人大罢工，打死40余人，犯下了不可饶恕的罪恶。

1923年10月，曹锟贿选当上了总统，吴佩孚接任直鲁豫3省巡阅使。此时的吴佩孚，名义上虽是直系的第3号人物，而实际上掌握着实权。他把自己的巡阅使公署设在古都洛阳。洛阳一时成了中国北方的政治、军事中心，吴佩孚发号施令，权倾一时，连英、美等国也不敢等闲视之。吴佩孚之所以如此八面威风，主要是因为他直接控制着5个师、1个混成旅，共10余万人的兵力。他深知军权的重要，所以，不管有多少头衔，仍兼任赖以起家的第3师师长，驻防洛阳。

吴佩孚坐镇中原，号令天下，使得他的对手们恨得咬牙切齿，而最甚者莫过于失败在他手下的奉系头子张作霖。1924年秋，奉系主动出击，派大军入关，与直系再争天下。由于后院起火，冯玉祥发动北京兵变，推翻了直系政府，吴佩孚全军溃败，只好南逃湖南，投靠赵恒锡。吴佩孚陷入无比的烦恼之中，第一次尝受到从权力顶峰跌落下来的滋味。

直系政府垮台，吴佩孚下野，结成同盟赶吴佩孚下台的张作霖和冯玉祥的矛盾越来越尖锐。吴佩孚蛰居山野，当他听说张作霖与冯玉祥的联盟破裂后，极为高兴，便派人四处活动，准备再次出山。这时，奉系势力不仅据有东北、京、津、鲁，而且还扩大到长江流域。占据浙、苏、皖、赣、闽5省的孙传芳，摆开与奉军决战的架势。孙传芳深知自己虽有实力却少资历，便联络原来的一些直军将领通电拥护吴佩孚出山。1925年10月21日，吴佩孚在汉口就任“14省讨贼联军总司令”。不久，吴佩孚军在河南击败国民军，并很快占领河南全境。

这时，在中国南方大地上，革命洪流汹涌澎湃，势不可挡。由广州出发的几路北伐大军连连告捷。其中一路长驱直入，很快攻入湖南，克衡阳、下长沙、占岳州，席卷湖南全境。吴佩孚率部与北伐军在汀泗桥、贺胜桥展开恶战，终被北伐军彻底击败。1926年10月10日，北伐军攻克武昌，俘获号称直军悍将的刘玉春并以下2万余人，吴佩孚南下带来的主力损失殆尽。1927年初，吴佩孚龟缩河南，还梦想再次死灰复燃，但他在河南的旧部诸将却已同他分道扬镳了。不久，吴佩孚经南阳远逃四川。四川军阀收留他，却不敢让他自由行动，便把他护送到传说中刘备临终托孤的奉节县白帝城。后来，他又到四川大竹县、河市坝等地隐居。

1932年1月，吴佩孚来到北京，名义上闲居当寓公，实际上以奇货自居，待价而沽。蒋介石仍然不放松对他的戒备，派人限制他的政治活动，这使吴佩孚很气忿却又无可奈何，便在“什锦花园公馆”深居简出。

1939年冬，吴佩孚牙疾发作，右颊肿胀，疼痛难忍，有一天吃水饺，一块小骨碴插进牙缝，致使病情加重，连说话也极端困难了。经医生诊断，认为非拔牙不可，否则，恐性命难保。手术就在吴佩孚家中进行，医生刚一动手，吴佩孚哼了一声，便昏死过去，再也没有醒来。