1509年7月10日，约翰·加尔文生于法国北部皮卡迪的努瓦荣城一个律师的家庭，母亲不幸早逝。加尔文曾在努瓦荣一个贵族家庭里受启蒙教育。1523年8月，努瓦荣流行鼠疫，加尔文随贵族子弟去巴黎，就读于巴黎大学马尔奇学院。后来，他又进入巴黎大学蒙太古学深造。1528年，加尔文毕业，获得文学硕士的学位。这时，路德宗教改革之风已吹进古老的校园，有人对宗教改革表示支持，学院领导则加以反对，斗争激烈。1529年，一位支持路德的学生领袖竟被烧死。这场斗争不能不使加尔文受到影响。

1531年，加尔文的父亲去世，他决定去巴黎专攻神学。他在巴黎研究了希腊文、希伯来文和拉丁文《圣经》，要求按照古代基督教的面貌改造罗马教会，逐渐倾向于宗教改革。3年后，加尔文成了一名新教徒。

1536年，加尔文在巴塞尔出版他的名著《基督教要义》，系统阐述新教教义，否认罗马教皇的权威。这部书是他毕生研究新教和在日内瓦从事宗教政治活动的总结，是宗教改革时期一部影响最大的新教百科全书。

1541年后，加尔文长期定居日内瓦，创立加尔文教，因此，加尔文后来被人们称为“新教的教皇”。他曾对许多著名的学者、医生和再洗礼派进行过迫害。所以恩格斯曾愤怒地说：“值得注意的是，新教徒在迫害自然科学家的自由研究上超过了天主教徒。塞尔维特正要发现血液循环过程的时候，加尔文便烧死了他，而且还活活地烤了他两个钟头”。

1553年，议会以异端罪名下令烧死反对三位一体说教，意图破坏刚刚稳定的西班牙医生塞尔维特等50多人。加尔文极力反对火刑，只提议执行砍头，但他的建议被议会否决了。加尔文向其他国家传播新教教义，他的教义在荷兰、苏格兰和英格兰影响很大，他还从事政治活动，邀请一些法国王室成员和贵族加入法国的喀尔文教派胡格诺派，结果导致法国发生宗教战争。他延揽大批欧洲新教难民到日内瓦，以致日内瓦成为归正宗的国际中心，号称“新教的罗马”。加尔文对新教的发展有相当重要的贡献，在理论上奠定了归正宗的基础。

1564年5月27日，加尔文死于日内瓦。