孝惠章皇后是顺治帝的第二位妻子。她先被聘为清世祖顺治帝妃，后册封为皇后。康熙帝继位后与孝康章皇后并尊，称母后皇太后，上徽号曰仁宪皇太后。
孝惠章皇后，博尔济吉特氏，1641年11月5日出生于蒙古科尔沁部左翼扎萨克(意为执政官)达尔汉巴图鲁亲王满珠习礼家族，是科尔沁贝勒绰尔济之女，世祖顺治废后的侄女。1653年8月，清世祖顺治废皇后博尔济吉特氏为静妃。1654年5月，清世祖顺治聘博尔济吉特氏为皇妃，6月立为皇后。
1656年8月，内大臣鄂硕女董鄂氏入宫，册为顺治帝贤妃。12月，晋董鄂贤妃为皇贵妃。有传言说，董鄂妃原为和硕襄亲王福晋，为世祖所夺，襄亲王含恨而死。此时，世祖欲再度废后改立董鄂氏，帝后关系更加恶劣。1658年正月，因太后不豫，世祖责后礼节疏阙，停用中宫笺表，下诸王大臣议论废后事宜。3月，因太后下旨，废后之事未成。孝惠章皇后从不管顺治帝与董鄂妃的关系，更没有争风吃醋，而是安静地呆在自己的后宫，度过这如花的青春年华。1660年8月，董鄂妃病故，追尊孝献皇后。1661年，清世祖顺治帝去世。
皇3子玄烨登基，是为康熙帝，尊孝惠章皇后博尔济吉特氏为母后皇太后，上尊号曰仁宪皇太后，居慈仁宫，后抚养康熙第5子胤祺于宫。1663年，康熙帝生母孝康章皇后崩；1688年，孝庄皇后崩。至孝庄崩前，康熙帝虽晨昏定省，但与嫡母仅保持官方关系，至孝庄崩，帝后母子恸甚，孝惠后哀哭不能起，康熙帝亦割辫哀痛以表孝思。此后，孝惠章皇后与康熙帝遂有更进一步的亲密关系。
1690年，修建宁寿新宫落成，康熙帝率诸王大臣请仁宪皇太后入居。1697年，康熙北巡，逢太后寿，奉书称祝，太后亦遣送衣裘。康熙帝虽因河未冰不能服，仍上书表示待天寒必欢喜服之，又遣送水果干饼土产至宫中，令总管太监顾问行请太后尝鲜（事见懋勤殿收康熙帝家书）。1700年，帝南巡，奉太后同行。而后，太后60寿、70寿，康熙帝均亲制词赋并大礼以祝，然太后均以尚俭故，停宴饮。
1698年7月29日，康熙帝亲奉皇太后孝惠出巡塞外，一同前往的还有皇长子、皇3子、皇5子、皇7子、皇9子、皇10子、皇13子及王公大臣等。他们经密云越长城，通过承德进入科尔沁草原。这是孝惠离别家乡40多年后第一次踏上故士，8月初，他们首先来到喀喇沁蒙古部，驻跸在康熙帝第5女和硕端静公主府第，9月初，孝惠皇太后来到出生地科尔沁草原，曾幸科尔沁和硕纯禧公主府第，此女是康熙异母弟常宁长女，下嫁科尔沁台吉般迪。
在科尔沁期间，蒙古各部王公都前来朝见拜谒，有翁牛特、敖汉、奈曼、阿禄科尔沁、郭尔罗斯、喀尔喀、喀喇沁、土默特等。康熙帝对来朝见者不但“赏以白金彩缎”，并赐大宴，其欢宴的场面有《至廓尔沁部落与众蒙古宴》（廓尔沁指科尔沁）诗可证曰：“大野支黄幄，长筵藉黄沙。恩膏宣塞下，部落列山阿。法酒沾人醉，椎牛飨众多。提携皆妇稚，千帐动欢歌。”在草原上支架起太后皇帝等的高贵华丽的黄幄和蒙古王公大臣的一座座装饰一新的蒙古包，长长的宴桌上摆着美酒香肉，老幼妇孺欢聚一堂，载歌载舞，欢声笑语，响彻草原。孝惠皇太后回到故乡，并看到家乡的亲人们和如此热烈的场面非常高兴。随后，孝惠与康熙帝来到盛京（沈阳）地区，先后拜祭了盛京4祖陵永陵及太祖、太宗山陵，即福陵、昭陵，并到盛京旧宫瞻仰了先祖宫殿。直至11月13日才返回京师。
1712年，孝惠章皇后的亲妹淑惠太妃亡故。时太后老迈，发苍齿摇，心中不乐，对康熙语曰“牙齿动摇，其已脱落者，则痛止，其未脱落者，痛难忍”。康熙则对曰“太后圣寿已逾7旬，孙及曾孙殆及百余，且太后之孙，皆已须发将白，而牙齿将落矣，何况祖母享如此高年。我朝先辈，常言老人牙齿脱落，于子孙有益，此正太后慈闱福泽绵长之嘉兆也”。太后闻言欢喜倍常，笑曰“皇帝此语，凡我老妪辈，皆当闻之而生欢喜也！”
1718年1月7日，孝惠章皇后博尔济吉特氏因病去世，享年77岁。康熙帝上谥号，葬孝陵（清东陵）之东，称孝东陵，附太庙。雍正、乾隆累加谥，最终谥号为孝惠仁宪端懿慈淑恭安纯德顺天翼圣章皇后。孝惠章皇后无子女。
