穆罕默德·阿里·真纳1876年12月25日出生于卡拉奇古吉拉特人一虔诚的穆斯林富商家庭。其父真纳巴纳·蓬迦巴依属伊斯兰教伊斯玛仪派分支霍加派(Isma‘il Khuja)，母亲米蒂·贝伊也出身于霍加派长老家庭。真纳从6岁起，先后在信德伊斯兰学校、孟买伊斯兰协会和卡拉奇教会中学学习。16岁考入孟买大学。1892年1月真纳赴英国伦敦学习。临行前与埃米·贝伊结婚。在伦敦进入林肯律师学院攻读法律。他博览群书，刻苦学习，同时研究英国政治制度。1895年取得律师资格。1896年回国后加入“印度国民大会党”，在孟买高等法院注册任律师，被誉为法律界的泰坦(Titan，即希腊神话人物)。他经常参加各种政治活动，发表演说，投身印度民族独立运动。印度著名政治家瑙罗吉、戈帕尔、克里希纳等人的自由主义思想对真纳政治观点的形成起了重要作用。1906年他以国大党领袖瑙罗吉的私人秘书身份参加国大党加尔各答会议，把印度分治的政治主张写进瑙罗吉报告中，形成“自治决议案”。1910年，被孟买穆斯林选为中央立法议会议员。1913年加入“全印穆斯林联盟”，1916年和1920年两任该联盟主席。他积极支持穆斯林争取在立法议会中占有代表席位的斗争，并致力于印度教徒与穆斯林之间的政治团结，提出团结就能得救的口号。在促进印度国大党和穆斯林联盟的合作，谋求印度自治的活动中，成为著名的政治领导人之一。1921年，因不同意国大党领导人甘地的不合作纲领，退出国大党。1929年提出要求穆斯林在中央立法会议中应占议席的1／3等“十四点计划”。1930～1932年，参加伦敦讨论印度问题的圆桌会议。1934年被选为“全印穆斯林联盟”终身主席。1940年他提出“巴基斯坦”计划，首先提出印度教徒和穆斯林为“两个民族”，只有坚持政治上的平等，才能实现印度的安定和穆斯林自治。主张在穆斯林聚居地区建立独立的伊斯兰国家。此后，“全印穆斯林联盟”在政治上控制了旁遮普以外的穆斯林占多数的省份。1945年，“全印穆斯林联盟”参加了中央立法议会选举，赢得了穆斯林的所有席位。1947年5月，英国政府接受了穆斯林关于印度、巴基斯坦分治的政治要求，同年8月正式成立巴基斯坦自治领，真纳就任第一任总督。他在巴基斯坦制宪会议上发表演说，重述先知穆罕默德的遗训，强调穆斯林之间团结、平等和坚持信仰的重要性。著有《在巴基斯坦总督任内演讲集》。

1948年9月，真纳因劳累过度，病逝于卡拉奇。被尊为“巴基斯坦国父”。巴基斯坦政府在卡拉奇修建了真纳陵墓，供后人瞻仰。