1829年6月6日（日本文政12年），本因坊秀策出生于日本的因岛市外浦町，本因坊秀策的父亲名为桑原轮三，母亲名为龟，家中次男。本因坊秀策的幼名为虎次郎，3、4岁的时候，传说只要给他围棋棋子就会停止哭泣，然后就会将黑白棋排着玩。母亲在他5岁的时候开始教导围棋，6岁的时候，整个村落无人可以当其敌手。7岁的时候，与三原城主浅野公对弈后，棋力被认定，后拜竹原宝泉寺住持葆真和尚为师。其技巧之神妙，众人称之为神童。

本因坊秀策在9岁的冬天，经由浅野公的推荐，前往江户（注：现在东京一带），进入本因坊家中，成为本因坊丈和之弟子。11岁的时候，取得初段认定后回到故乡，浅野公赐予当时一般家臣5人份的薪俸。15岁时，取得了4段的认定后，改名为秀策（注：日本人跟中国人一样，小时候会有一个幼名，成人礼（或称为元服）后，会再有另外一个名字）。17岁的时候，他的薪俸增加到一般家臣的12倍，18岁的时候，在大阪与幻庵因硕对弈后，因而博得“赤耳妙手”的名号。

自幼投在本因坊秀和门下，很早便显示出超凡的资质。在井上幻庵与本因坊秀和的第三次对决时，棋至中盘，幻庵精心设下了能置对手于死地的圈套，而包括当局者秀和在内的现场所有高手都未能看破，却唯有当时年方14岁以弟子身份在一旁递茶伺候的秀策，看出了盘面的杀机，遂佯做失手令茶盏翻倒，在秀和抬头时以眼色示警，令秀和重新审视局面，这才躲过一劫。不过，在那时秀策的实力除秀和外还不为人所知，直到数年后一次在外旅行时，偶遇已引退的井上幻庵交手之时连连获胜，这才名动四方，震惊了棋坛。而这才只不过是秀策光芒万丈的棋圣生涯的开始。
    1849年，秀策20岁时，被定为第14世的本因坊的继承人（不过并未成为十四世本因坊），并与其师丈和之女结婚。被秀和正式指定为本因坊一门的继承人，并开始在御城战中出场。谁也没有想到，在此后直到秀和去世的10多年中，秀策竟在强者林立的御城棋战中保持全胜！而且，败在他手下的各家棋士，无不输得心悦诚服。如此神乎其技，令人不禁联想到200年前的本因坊道策。而更难得的是，秀策虽有如此冠绝古今的实力，为人却极温文谦和。因此，同代棋士大多与他交好，在他30多岁，染病英年早逝时，整个日本围棋界都为之哀痛。可能是史上最强棋士的秀策，却因为辞世太早，连本因坊家掌门都没有当上。
    虽然在御城棋战中所向无敌，但在御城棋之外，秀策却有一位好对手，此人便是安井一门的太田雄藏。这太田雄藏和秀策一样是7段等级，但实际棋力殊不亚于当时身为8段准名人的秀和。虽然秀策棋力更在秀和之上，雄藏在秀策面前弱势也并不十分明显，然而，雄藏却没有在御城棋出场的机会。皆因日本古时棋士一旦升至7段，都要剃发变成光头，而雄藏是有名的美男子，对此甚为在意，宁可不升7段也不愿剃发，迫得棋坛开特例允许他不落发而成为7段，但却因此不可以在御城棋出场比赛，所以雄藏与秀策的对局，全是在御城棋以外的场合进行。两人弈棋时针锋相对，私交却一直甚好，情形颇似当年的安井知得与本因坊元丈，如此棋逢对手的君子之交，委实令后人心折。

秀策在21岁的时候，被任命为“御城碁”，从这个时候开始的13年间，战绩为19连胜，而且，没有输棋的纪录。

秀策的布局被称为“秀策流”，在现今的对局中，也常看到被使用着。另外，常有人说如果常常去排秀策的棋谱的话，棋力会有所提升。也有听说一些高段者会去排秀策的棋谱。

秀策以其棋力及人格的高尚被称为“棋圣”。到目前为止被以“棋圣”这样的尊崇的除了第四世的本因坊道策外，就是秀策了。由此可见其地位之伟大。

1862年8月，本因坊秀策因病去世，年仅34岁，整个日本围棋界都为之哀痛。