1506年4月7日，圣方济各·沙勿略出生在西班牙纳瓦拉省的哈维尔城堡。沙勿略自幼生活在城堡中，尽管他经常接触到那些尚武的骑士们，但他的秉性却使他绕开了通向军界的道路，18岁进入巴黎的圣巴尔贝学院，接受一种全面的教育。由于他的学业优异，沙勿略22岁时已被任命为博韦学院亚里士多德哲学讲师并被视为一名学者。
    1540年，沙勿略成为耶稣会的首批传教士，奉教廷之命前往东方的印度、日本等地传教。历经8个月的艰难航行，1541年12月沙勿略抵达果阿。在他写给罗耀拉会长的信中，说果阿已经俨然是一座基督教化的城市，那里有一所培养当地土著传教士的学院。

沙勿略在科莫林角进行几个月的布道工作之后，冷静地认识到，在印度要取得传教事业的成功，那将是任重而道远的。所以他要求罗马教廷派一些具有善意和良好品德的传教士到印度来。
    为了广泛了解东方传教事业的普遍进展情况，1545年底沙勿略来到马六甲一带。4个月后，他又到了安汶岛。在熟悉东南亚海域诸岛后，他开始将目光转向东亚。1549年8月15日沙勿略带着其他两名修士、两名仆人和业已信奉基督教的安禄日踏上日本国土。在和日本人的接触中，他认为日本正是他寻求的实现基督教千年王国的理想之地，而且日本人是被发现土地上最为超群者。他们管教有方，品德优秀。沙勿略还在安禄日的帮助下用日语写了一份简略的祈祷书。只有掌握当地的语言，才能取得传教事业的进展。此点成为沙勿略东方传教策略的重要基点之一。 

1551年11月20日，沙勿略重返印度。这期间他又开始思索一个新问题，即中国的基督教化问题。在日本，沙勿略开始认识到日本的文化深受中国的影响。而中国则是一个物产丰富，文明昌盛的国度。因此沙勿略萌生了到中国传播福音的想法。 

1552年8月沙勿略乘“圣十字”号抵达距广州30海里的我国上川岛。当时该岛为葡萄牙商人与我沿海居民进行走私贸易的据点。沙勿略抵达上川岛后已开始认识到明朝政府对外国人入境实行严格的控制，到中国传教形势十分严峻。但这并没有动摇沙勿略到中国内陆传播福音的决心。他一方面精心安排秘密潜入中国内地的计划，同时考虑好了一旦他拟议中的计划不能实行时的应急措施，即于次年当暹罗向中国派出进贡使团时，他想谋求一个席位与该国使团一起进京。

沙勿略没能实现自己的理想。但他提出的意图使整个古老的中华帝国基督教化的设想，却成为西方传教士一代又一代为之奋斗的重要目标。尤其是他在日本传教过程中总结出来的策略思想，更被他的继承人奉为典范。沙勿略未能进入中国传教，但他的努力激励着他的同道，直至撞开中国的大门。在葡萄牙人抢占澳门之后，耶稣会士开始以此为据点，设法向中国内地渗透。
    1552年12月，沙勿略不幸染上疟疾，由于缺乏医药，不久便去世了，年仅46岁。